Voller erschrecken musste ich feststellen, dass TWRP Recovery in der Version 3.0 das Verzeichnis data\media nicht sichert. In diesem Verzeichnis speichert unter anderem Whatsapp Thumbnails. Weiterhin ist es der Standardpfad für Downloads von Chrome oder K9.
Mögliche Lösungen:
Nach meinen Recherchen kann man das Verzeichnis manuell sichern oder gleich auf TWRP 3.1+ updaten. Hier soll das Problem behoben sein.
Alternativ: Beim Wipen nur den Standard-Wipe wählen. Hier wird explizit data/media ausgespart. Wählt man Advanced Wipe und dann data, wird auch data/media formatiert. Das gemeine ist, dass man beim Backup ebenfalls Data auswählen kann. Nur hier wird eben data/media nicht gesichert.
Quellen:
https://github.com/TeamWin/Team-Win-Recovery-Project/issues/276